Difficile d'aborder l'accession d'Aménophis IV au trône sans mettre en relief la corégence probable entre lui et son père, pendant les années 37et 39 du règne d'Aménophis III. Selon certains historiens, cette corégence a débuté dans les années 28 et 29. Parmi ces historiens, nous pouvons citer Cyril Aldred qui dit : « Lorsqu'il [Akhénaton] atteignit sa majorité au cours de la 28 ème année du règne de son père, le prince fut nommé corégent et installé en tant que pharaon ». En fait, les paroles de Cyril sont réfutables, parce qu'Akhenaton est né au cours de la vingt-deuxième année du règne de son père, Amenhotep III. Est-il possible qu'il devienne corégent à l'âge de six ans ? On se demande pourquoi le roi père n'a pas choisi son aîné Thoutmosis comme corégent. D'après Mahfouz, ce dernier avait sept ans lorsqu'il mourut.
En fait la corégence était pratiquée sous la XVIIIe dynastie. Marc Gabolde affirme que « le premier cas est la corégence bien connue entre Hatchepsout et Thoutmosis III et le second concerne Akhenaton et son successeur ». Gabolde n'a pas mentionné qu'Aménophis III avait associé son fils au trône pendant son règne. Donc cette idée n'a été annoncée que par Cyril Aldred qui ne s'est pas contenté d'affirmer le couronnement d'Aménophis IV au temps de son père, mais il l'a abordé d'une manière détaillée : « Akhénaton dut accompagner son père dans un voyage triomphal autour de son royaume, afin d'être présenté au peuple dans toutes les grandes villes et d'être accepté comme leur véritable fils par toutes les divinités locales. […] A Memphis, les chambellans royaux chargés de la garde des insignes royaux lui mirent la couronne sur la tête ».
L’écrivain Gilbert Sinoué évoque dans l’un de ses romans cette corégence à deux reprises. Il nous fait entendre une discussion entre deux égyptologues, Judith et son professeur Lucas. Elle lui dit : « Il aurait fallu qu'Amenhotep III soit vivant en l'an IV du règne de son fils, ce qui impliquerait l'existence d'une corégence ». Refusant cet avis, Lucas lui répond catégoriquement : « Amenhotep III est mort. Son fils lui a succédé, c'est tout». Leur discussion tourne dans un cercle vicieux, l'un présente la preuve et l'autre la réfute. Chacun d'entre eux cite d'autres égyptologues qui partagent son avis. Parmi ceux qui croient à la corégence se trouvent Johnson, Vandersleyen; Bell, Allen et Valentin, alors que les opposants sont Helck, Gabolde, Hornug, Redford, Campoell, Harris et Murnane. Cette divergence scientifique reflète à quel point l'époque amarnienne est ambiguë. Cette ambiguïté est même présente chez Marc Gabolde qui offre à la fois la preuve et sa réfutation.
Sinoué a repris la corégence, mais cette fois d'Akhénaton et Semenkhkârê. Convaincu que Néfertiti l'a trahi au service du clergé d'Amon, Akhénaton dit à Anoukis: « Je vais prendre un corégent. […] Dans deux ans Semenkhkârê aura atteint l'âge d'homme. Je le ferai couronner à ce moment-là ». Celui-ci n'appartient pas à la cour royale et son nom semble parfaitement atypique, voire anormal. « Nous tenons cette corégence pour réelle parce qu'elle est affirmée par Gobolde. De plus, Donald B. Redford avait cité Semenkhkârê dans la chronologie du Nouvel Empire que Sinoué a présentée dans l'avant-propos de son roman. Cette chronologie montre que Semenkhkârê était le pharaon d'Égypte en 1360 avant J.-C. c'est-à-dire après Akhénaton et avant Toutankhamon. Son règne n'a duré qu'un an. A ce propos, Mahfouz a commis une erreur lorsqu'il a dit : « La reine Tiÿ donna naissance à deux jumeaux. Séménkhkârê et Toutankhamon. Il affirme ainsi que Semenkhkârê dont les racines sont inconnues pour les Égyptiens, est le frère d'Akhénaton.